○ IT·ET·BT 융합기술을 활용하여 외래생물 제어·방제를 위한 분포·확산 메커니즘 규명 및 탐지모델 개발 - 유입 외래생물 대상종 생리·생태·환경유전 특성정보 통합데이터베이스(DB) 구축 - 유입 외래생물 맞춤형 연구지로 위치추적기술 적용 모니터링 표준지 구축 - IT·ET·BT 융합 서식·환경조사를 통해 유입 외래생물 종분포·확산 프로세스 구조화 - 공간 명시적 개체군 모델과 머신러닝 기반 앙상블 종분포 모델 결합 및 개발 - 최신 위치추적기술 적용 외래생물 분포·확산 탐지모델 고도화 및 모니터링·방제 플랫폼 구축 지원

해당 연구는 < 국가 바이오 빅데이터 구축 시범사업 >의 일환으로 수집된 코호트 중, "치매(ARD) 코호트"에 해당함 MRI 기반 고령 한국인 연령별 남·녀 표준 뇌지도 구축 2,400명 이상 대규모 코호트 대상 치매정밀검진 및 MRI 뇌영상 획득 (구성: 정상 1200명 이상, 경도인지장애 800명 이상, 치매 400명 이상) 정상인 MRI 기반 연령별 고령 한국인 남·녀 표준 뇌지도 구축 (대뇌피질, 백질, 뇌실, 해마 등 다양한 해부학적 특성에 대한 정량화 및 표준화) 뇌의 구조적·형태적 변화에 대한 연령별 정규화를 통한 정상 노화 과정 규명 MRI 기반 알츠하이머성 치매 특이 뇌 손상 특성 및 유전적 영향 규명 치매 정밀검진을 통한 정상/경도인지장애/치매 집단 선별 (검진항목: 기초신체 검진, 뇌영상 촬영, 혈액검사, 병력·가족력 조사, 신경심리검사, 임상 평가 등) 정상 표준 뇌지도와의 비교·분석을 통한 알츠하이머성 치매 특이 뇌 손상 특성 규명 치매 특이 뇌 손상과 유전적 변이 간에 상관관계 분석을 통한 유전적 영향 규명 뇌 손상 영역 및 패턴에 따른 인지기능 저하 특성 규명 대규모 코호트 추적 연구를 통한 치매 발병과정 규명 장기적 주기적 추적조사를 통한 개인별 뇌영상 및 인지능력 변화 데이터 확보 인지기능 저하 및 치매발병에 따른 AD 특이 뇌 손상 변화 패턴 규명 및 표준화 시계열 데이터에 기반한 표준 뇌지도 정교화 및 신뢰도 제고 한국인과 서양인의 뇌 구조적 특성 및 동양인 특이 뇌 손상 부위 규명 한국인(몽골리안)과 코카시안에 대한 연령대별 표준 뇌지도 비교분석 정상 노화에 따른 뇌 위축 과정의 인종 간 특성 비교분석 알츠하이머성 치매 특이 뇌 손상의 인종 간 차별성 규명 종적 시계열 분석을 통한 치매 예측 뇌영상 모델 및 알고리즘 개발 다변량 ROI 분석을 통한 MRI 기반 인지기능 저하 예측모델 개발 MCI-초기치매 과정 특이 ROI 패턴 분석을 통한 AD 중증도 조기진단모델 개발 치매 진행 중 뇌구조 변화 데이터의 종적 분석을 통한 AD 발병 예측모델 개발

Haploidization of the somatic nucleus is induced by mature oocytes

This study investigates the transcriptomic alterations in human placental choriocarcinoma JEG-3 cells following exposure to endocrine-disrupting chemicals bisphenol A (BPA) and bisphenol S (BPS). RNA-sequencing (RNA-seq) was performed to identify differentially expressed genes and pathway-level changes associated with chemical exposure. These findings provide insights into the epigenotoxic impacts of bisphenols on placental function and contribute to understanding potential mechanisms underlying adverse pregnancy outcomes.

인간에게는 총 48개의 ABC 트랜스포터가 있으며, 공통적으로 ATP를 가수분해하여 다양한 기질을 세포막 내외로 운반함. 이들의 돌연변이 및 기능 이상은 다양한 난치성 질환 (암, 대사, 면역, 뇌신경 질환)의 주요 원인임. 이러한 생물학적 중요성에도 불구하고 대량생산 및 결정 생성의 어려움으로 인하여 현재까지의 ABC 트랜스포터 구조연구는 대부분 박테리아 유사 단백질에 집중되어 왔으며, 인간 트랜스포터의 구조연구는 극히 일부만 성공하였음. 본 연구에서는 cryo-EM을 이용하여 인간 ABC 트랜스포터의 고해상도 분자입체구조를 규명하고, ATP 가수분해 및 기질 수송으로 인한 ABC 트랜스포터의 구조 및 구조 전이 과정을 밀리초 (millisecond) 시간 분해능으로 규명하고자 함.

본 프로젝트는 대장암 환자들의 유전자 변이와 메틸레이션 정보를 분석하여 새로운 치료 방법을 개발하는 것을 목표로 함. 메틸레이션은 DNA 분자에 메틸기가 결합되는 과정으로서, 유전자 발현을 억제함. 이러한 메틸레이션의 변화는 다양한 질병과 관련이 있으며, 특히 암과 밀접한 관련이 있음. 이에 따라 대장암 환자의 메틸레이션 정보를 분석하여 대장암의 발생 기전과 발생에 관여하는 유전자를 파악하고, 이를 바탕으로 새로운 진단 및 치료 방법을 개발하려함. 이를 통해 대장암 치료에 대한 기존의 한계를 극복하고, 환자들의 치료 결과를 개선할 수 있을 것임.

바오이미지의 일차적인 품질을 자동으로 평가하기 위해 이미지의 선명도 평가, 이미지에 대한 객관적인 정보를 추출하여 제시할 수 있는 시스템을 개발하고자 한다. 학습에는 adult mouse liver (40um thickness)에서 관찰 할 수 있는 다양한 세포와 ECM 이미지를 사용하였다.

본 프로젝트는 다양한 질소 관련 스트레스 조건에서 배양된 Chlamydomonas sp.의 전사체 시퀀싱 데이터를 제공한다. 본 연구는 암모니아 스트레스에 대한 세포 반응, 아세테이트에 의한 스트레스 완화 기작, 그리고 질산염 관련 대사 조절을 조사하였다. 미세조류는 아세테이트 보충 유무에 따른 암모니아 스트레스 조건과 질산염 기반 환경을 포함한 다양한 실험 조건에서 배양되었다. 시간 경과에 따른 전사체 변화를 확인하기 위해 시계열 샘플링이 수행되었으며, 이를 통해 각 처리 조건에 따른 동적 유전자 발현 반응을 분석할 수 있도록 하였다.

Upon generating and characterizing a stable transgenic zebrafish that expresses the human TAUP301L mutant in a neuron-specific manner, we found that accumulating Tau protein was efficiently cleared via an enhanced autophagy activity despite constant Tau mRNA expression; apparent tauopathy-like phenotypes were revealed only when the autophagy was genetically or chemically inhibited. We performed RNA-seq analysis, genetic knockdown, and rescue experiments with clinically relevant point mutations of valosin-containing protein (VCP), and showed that induced expression of VCP, an essential cytosolic chaperone for the protein quality system, was a key factor for Tau degradation via its facilitation of the autophagy flux. Thus, enhancing the expression and activity of VCP in a spatiotemporal manner to facilitate the autophagy pathway is a potential therapeutic approach for treating tauopathy.

: Protein phosphorylation is a prevalent post-translational modification that regulates essentially every aspect of cellular processes. Currently, liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) with an extensive offline sample fractionation and a phosphopeptide enrichment method is a best practice for deep phosphoproteome profiling, but balancing throughput and profiling depth remains a practical challenge. We present an online three-dimensional separation method for ultra-deep phosphoproteome profiling that combines an online two-dimensional liquid chromatography separation and an additional gas phase separation. This method identified over 100,000 phosphopeptides (>60,000 phosphosites) in HeLa cells during 1.5-day data acquisition and the largest HeLa cell phosphoproteome significantly expanded detectable functional landscape of cellular phosphoproteome.

식품첨가물인 카테킨의 주성분 중 하나인 에피갈로카테킨갈레이트(EGCG)는 항산화작용, 항암작용 등 다양 한 효과가 알려져 있다. 그러나 최근 고용량으로 섭취되었을 때 건강 증진 효과보다는 해로운 효과를 보여 주는 많은 역학적 보고가 점점 증가하고 있는 실정이다. 또한 식품첨가물 중의 하나인 프로필갈레이트(PG) 도 항산화 효과를 가지고 있어 주로 식품의 산화방지제로 사용되고 있으나, PG 역시 간세포에 처리되었을 때 세포 독성을 나타낸다는 보고가 있다. 이와 같이 급속한 고령화 진행과 식생활 패턴 변화에 따른 질병 예방 목적의 항산화제와 같은 식품 및 가공식품을 통한 식품 첨가물의 사용은 증가하고 있으나, 이러한 물 질들의 과다 섭취 가능성 및 부작용을 고려한 안전성 평가 연구 및 시험법은 확립되어 있지 않은 상황이 다. 본 연구에서는 항산화 효능을 가진 것으로 알려져 있는 식품첨가물인 EGCG와 PG를 간세포주에 단독 및 병용 처리하여 안전성·효능 관련 전사체 프로파일을 확보하고, 안전성·효능 예측 후보지표도 발굴하고자 하였다.

This bioproject contains 6 samples (3 from mice under control diet, 3 from mice under zinc-deficient diet) of RNA-seq data from lip tissues after oral bacterial infection

By analyzing the proteomic data of Calu-3 cells infected with SARS-CoV-2 variants, assess the emergence of these variants, their impact on cellular protein expression, and evaluate both the host response and the differences in viral proteins across the variants.

Genotyping-by-sequencing and assembly

<제1세부>1)사람골수,제대혈유래줄기세포구축,2)미분화능및전능성전사인자발현,3)연골세포,신경세포,심근세포,케라티노사이트분화능평가 <제2세부>1)줄기세포의계대별유전체분석,2)줄기세포의분화단계별유전체분석3)줄기세포의후성유전체분석 <제3세부>1)유전체프로파일DB구축을위한표준화기술도입,2)유전체발현분석및조절네트워크분석,3)웹기반사용자인터페이스와도구개발

In our study, aimed at identifying highly expressed genes in E. coli within tumor tissues, we conducted RNA sequencing analysis of liver and tumor tissues from a CT26 colorectal carcinoma xenograft mouse model. The mice were injected intravenously with E. coli str. K-12 substr. MG1655, and tissue samples were collected at two time points: 1 day post infection (dpi) and 3 dpi. A total of 22 samples were analyzed, including day 1 liver (n = 6), day 1 tumor (n = 7), day 3 liver (n = 3), and day 3 tumor (n = 6)

<제1세부>1)사람골수,제대혈 유래줄기세포구축,2)미분화능및전능성전사인자발현,3)연골세포,신경세포,심근세포,케라티노사이트분화능평가 <제2세부>1)줄기세포의계대별유전체분석,2)줄기세포의분화단계별유전체분석3) 줄기세포의 후성 유전체 분석 <제3세부>1)유전체프로파일DB구축을위한표준화기술도입,2)유전체발현분석및조절네트워크분석,3)웹기반사용자인터페이스와도구개발

This project contains 6 samples (3 from coculture with Bacillus subtilis WT, 3 from coculture with Bacillus subtilis dhbF) of RNA-seq data of Penicillium brasilianum SFC20200506-M13 obtained from the marine sample in Gangwon-do, cultured on potato dextrose agar.

바이러스 기초 연구 및 숙주 면역기전 연구를 기반으로 국가 재난형 바이러스 감염 예방ㆍ치료 글로벌 원천 기술 확보 ※ 연구 대상 바이러스 - (사회문제형 바이러스) SARS-CoV-2, 구제역, 인플루엔자, 아프리카 돼지 열병바이러스 등 - (미래 대유행 가능 바이러스) SFTSV(열성혈소판 감소 증후군 바이러스), 기후변화 (뎅기, 지카, 치쿤구니야 등), 고령화 만성 감염병(헤르페스, 파필로마 바이러스 등)