Databases
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KRA 바로가기 (Korea sequence Read Archive)
KRA 데이터베이스는 유전체 염기서열의 고속 분석방법인 차세대 염기서열 분석(NGS ; Next Generation Sequencing) 데이터를 저장하는 데이터베이스입니다. NGS 시퀀서를 통해 생산된 read 데이터 및 이들의 추가 분석을 통해 얻어진 alignment, quantification, variant 등의 가공 데이터를 등록 및 다운로드할 수 있습니다.
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KEA 바로가기 (Korea Expression Archive)
KEA 데이터베이스는 마이크로어레이, 벌크 RNA-seq, 단일세포 RNA-seq, 공간 전사체학(spatial transcriptomics), 후성유전체학(epigenomics) 등을 포함한 어레이 및 시퀀싱 기반 실험에서 생성된 기능유전체학 데이터를 저장하는 데이터베이스입니다. KEA에 제출되는 연구 데이터에는 MIAME 및 MINSEQE 가이드라인을 준수하는 가공 데이터와 함께, 상세한 샘플 annotation 및 실험 프로토콜을 포함한 포괄적인 메타데이터가 포함됩니다.
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KNA 바로가기 (Korea Nucleotide Archive)
KNA 데이터베이스는 다양한 방법의 시퀀싱 및 in silico 방법으로 얻어지는 염기서열(nucleotide sequence) 및 이의 특성/기능 정보를 포함하는 데이터를 저장합니다. 단일 염기서열, 조립된 유전체/전사체, 유전체 annotation 정보 및 해당 유전자의 단백질 서열정보 등의 데이터를 등록 및 다운로드 할 수 있습니다.
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KVar 바로가기 (Korea Variant Archive)
Kvar 데이터베이스는 유전체 변이(genomic variation) 데이터를 저장하는 데이터베이스입니다. 이러한 유전체 변이 데이터는 염기서열 분석을 통해 확인된 단일염기다형성(SNP), 삽입/결실(InDel), 구조 변이(SV), 복제수 변이(CNV) 등의 정보를 포함합니다. 특히 SNP는 집단 단위 변이 정보와 대립 유전자 빈도(allele frequency)를 제공합니다. 원시 변이 파일(VCF), 주석 처리된 변이 데이터, 대립 유전자 빈도 테이블 등의 데이터를 등록 및 다운로드할 수 있습니다.
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KSO 바로가기 (Korea Spatial Omics)
KSO 데이터베이스는 조직 내 유전자 발현을 공간적 구조와 함께 분석하는 방법인 공간 오믹스(spatial omics) 데이터를 저장하는 데이터베이스입니다. 이러한 데이터를 통해 조직 구조와 세포 간 상호작용 등을 시각화하고 해석할 수 있습니다. 원시 데이터와 함께 정량화, 공간 클러스터링, 발현 패턴 등 분석 결과를 등록 및 다운로드할 수 있습니다.
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KPOP 바로가기 (Korea ProteOme rePository)
KPOP 데이터베이스는 생체 시료에서 발현되는 단백질들을 총체적으로 동정하고 발현량을 정량화하는 방법인 단백체 정량 분석(quantitative proteomics) 실험 데이터를 저장합니다. 이러한 분석에는 주로 질량분석법(mass spectrometry) 장비가 사용되며, 질량분석 장비를 통해 생산된 원시(raw) 데이터 및 이들의 추가 분석을 통해 얻어진 정량 값 데이터 등의 가공 데이터를 등록 및 다운로드할 수 있습니다.
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KMAP 바로가기 (Korea MetAbolomics data rePository)
KMAP 데이터베이스는 생체 시료 내의 대사산물(metabolite)들을 총체적으로 동정하고 정량화하는 방법인 대사체학(metabolomics) 데이터를 저장합니다. 이러한 분석에는 주로 질량분석법(mass spectrometry) 및 핵자기공명(nuclear magnetic resonance) 장비가 사용되며, 이를 통해 생산된 원시(raw) 데이터 및 이들의 추가 분석을 통해 얻어진 정량 값 데이터 등의 가공 데이터를 등록 및 다운로드할 수 있습니다.
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KCODE 바로가기 (Korea Chemical Oriented Database Entity, Compound)
KCODE 데이터베이스는 화합물 관련 다양한 데이터를 저장하며, 화학적 구조, 대상 타겟에 대한 활성 실험(bioassay) 결과, profiling 데이터를 등록 및 다운로드할 수 있습니다.
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KBI 바로가기 (Korea BioImaging)
KBI 데이터베이스는 다양한 종류의 bioimaging 데이터를 저장하는 데이터베이스입니다. 분자영상(MRI/fMRI/PET/CT/초음파/ X-ray), 뇌파(EEG/iEEG/MEG), 현미경(광학 및 전자현미경) 데이터를 등록 및 다운로드할 수 있습니다.
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KPC 바로가기 (Korea Pre-Clinic)
KPC 데이터베이스는 새로 개발한 신약후보 물질 등을 세포 및 동물에게 시험 사용하여 부작용, 독성, 효과 등을 알아보는 전임상 시험 데이터를 저장하는 데이터베이스입니다. 현재는 COVID-19 등 감염병에 대한 진단, 백신, 치료제 시험 데이터를 등록할 수 있습니다.
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GeNA 바로가기 (GeNeral Archive)
GeNA 데이터베이스는 비정형 데이터를 위한 포괄적인 데이터베이스이며, 이와 유사한 대표적인 해외 데이터베이스인 FigShare, Dryad, Zenodo 처럼 어떠한 포맷의 데이터라도 GeNA의 포괄적 데이터 등록양식을 사용하여 모두 등록 가능합니다. 또한 유전체/단백체/대사체/화합물/바이오이미징 외의 소규모 데이터 타입에 특화된 등록 양식들도 일부 제공하고 있습니다.