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Spatial omics data
C3H10T1/2 PPARG loci ORCA data

  • Accession
    KSO100394
  • Submission date
    2026-03-04

Project Detail
Dataset detail - Accession, 프로젝트의 영문 제목, 프로젝트의 국문 제목, 프로젝트의 영문 설명, 프로젝트의 국문 설명
Accession
KAP242254
Project title
Chromatin tracing of the Pparg locus in differentiating C3H10T1/2 cells overexpressing TAZ
Project title in Korean
TAZ를 과발현시킨 C3H10T1/2 세포의 분화 과정 중 Pparg 유전자 좌위 크로마틴 추적 연구
Project description
This study provides chromatin tracing data of the Pparg locus to investigate how TAZ overexpression alters 3D genome organization during adipogenesis. Using Optical Reconstruction of Chromatin Architecture (ORCA) via sequential FISH, we mapped the chromatin structure surrounding the Pparg gene in C3H10T1/2 cells at Day 0 and Day 1 of differentiation. Our findings demonstrate that TAZ overexpression significantly disrupts the enhancer-promoter interactions that are typically established during adipocyte lineage specification, providing a structural basis for TAZ-mediated inhibition of differentiation.
Project description in Korean
본 연구는 TAZ 과발현이 지방세포 분화 과정 중 3차원 게놈 구조를 어떻게 변화시키는지 규명하기 위해 수행된 Pparg 유전자 좌위의 크로마틴 추적(Chromatin tracing) 데이터를 제공한다. 순차적 FISH 기반의 크로마틴 구조 광학 재구성 기술(ORCA)을 활용하여, 분화 0일차 및 1일차 C3H10T1/2 세포 내 Pparg 유전자 주변의 크로마틴 구조를 정밀하게 매핑하였다. 연구 결과, TAZ 과발현은 지방세포 분화 과정에서 필수적으로 발생하는 인핸서-프로모터 상호작용을 유의미하게 저해함을 확인하였으며, 이는 TAZ가 크로마틴 구조 변화를 통해 분화를 억제함을 시사한다.

Metadata
Dataset metadata - key, title, value
Title
C3H10T1/2 PPARG loci ORCA data
Organism
Mus musculus (mouse)
Preservation Method
FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded)
conditon
Healthy
disease
-
Sample description
C3H10T1/2 cell was fixed with 4% paraformaldehyde
Platform
Merfish
Probe Count
3022
Number of Imaging Cycles
68
Spatial Resolution
108nm
Manufacturer
Others - Custom
Tissue Section Thickness
Cell culture
Region of Interest Size
221*221μm per FOV
Analysis Method
ChrTracer3
Imaging Instrument
Nikon Ti2E
Software Used
ChrTracer3 (custom modified)
Fluorescence Channel Information
Cy3, Cy5
Panel
mouse Pparg ORCA probe
Panel Plex
65 genomic loci + 3 barcoding round

File