Spatial omics data
C3H10T1/2 PPARG loci ORCA data
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AccessionKSO100024
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Submission date2026-03-04
Project Detail
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Accession
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KAP242254 |
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Project title
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Chromatin tracing of the Pparg locus in differentiating C3H10T1/2 cells overexpressing TAZ
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Project title in Korean
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TAZ를 과발현시킨 C3H10T1/2 세포의 분화 과정 중 Pparg 유전자 좌위 크로마틴 추적 연구
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Project description
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This study provides chromatin tracing data of the Pparg locus to investigate how TAZ overexpression alters 3D genome organization during adipogenesis. Using Optical Reconstruction of Chromatin Architecture (ORCA) via sequential FISH, we mapped the chromatin structure surrounding the Pparg gene in C3H10T1/2 cells at Day 0 and Day 1 of differentiation. Our findings demonstrate that TAZ overexpression significantly disrupts the enhancer-promoter interactions that are typically established during adipocyte lineage specification, providing a structural basis for TAZ-mediated inhibition of differentiation.
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Project description in Korean
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본 연구는 TAZ 과발현이 지방세포 분화 과정 중 3차원 게놈 구조를 어떻게 변화시키는지 규명하기 위해 수행된 Pparg 유전자 좌위의 크로마틴 추적(Chromatin tracing) 데이터를 제공한다. 순차적 FISH 기반의 크로마틴 구조 광학 재구성 기술(ORCA)을 활용하여, 분화 0일차 및 1일차 C3H10T1/2 세포 내 Pparg 유전자 주변의 크로마틴 구조를 정밀하게 매핑하였다. 연구 결과, TAZ 과발현은 지방세포 분화 과정에서 필수적으로 발생하는 인핸서-프로모터 상호작용을 유의미하게 저해함을 확인하였으며, 이는 TAZ가 크로마틴 구조 변화를 통해 분화를 억제함을 시사한다.
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Metadata
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Title
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C3H10T1/2 PPARG loci ORCA data |
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Organism
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Mus musculus (mouse) |
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Preservation Method
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FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded) |
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conditon
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Healthy |
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disease
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Sample description
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C3H10T1/2 cell was fixed with 4% paraformaldehyde |
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Platform
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Merfish |
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Probe Count
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3022 |
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Number of Imaging Cycles
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68 |
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Spatial Resolution
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108nm |
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Manufacturer
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Others - Custom |
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Tissue Section Thickness
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Cell culture |
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Region of Interest Size
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221*221μm per FOV |
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Analysis Method
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ChrTracer3 |
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Imaging Instrument
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Nikon Ti2E |
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Software Used
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ChrTracer3 (custom modified) |
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Fluorescence Channel Information
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Cy3, Cy5 |
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Panel
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mouse Pparg ORCA probe |
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Panel Plex
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65 genomic loci + 3 barcoding round |
File