본문으로 바로가기

공간 오믹스 데이터
C3H10T1/2 PPARG loci ORCA data

  • Accession
    KSO100014
  • Submission date
    2026-03-04

Project Detail
Dataset detail - Accession, 프로젝트의 영문 제목, 프로젝트의 국문 제목, 프로젝트의 영문 설명, 프로젝트의 국문 설명
Accession
KAP242254
프로젝트의 영문 제목
Chromatin tracing of the Pparg locus in differentiating C3H10T1/2 cells overexpressing TAZ
프로젝트의 국문 제목
TAZ를 과발현시킨 C3H10T1/2 세포의 분화 과정 중 Pparg 유전자 좌위 크로마틴 추적 연구
프로젝트의 영문 설명
This study provides chromatin tracing data of the Pparg locus to investigate how TAZ overexpression alters 3D genome organization during adipogenesis. Using Optical Reconstruction of Chromatin Architecture (ORCA) via sequential FISH, we mapped the chromatin structure surrounding the Pparg gene in C3H10T1/2 cells at Day 0 and Day 1 of differentiation. Our findings demonstrate that TAZ overexpression significantly disrupts the enhancer-promoter interactions that are typically established during adipocyte lineage specification, providing a structural basis for TAZ-mediated inhibition of differentiation.
프로젝트의 국문 설명
본 연구는 TAZ 과발현이 지방세포 분화 과정 중 3차원 게놈 구조를 어떻게 변화시키는지 규명하기 위해 수행된 Pparg 유전자 좌위의 크로마틴 추적(Chromatin tracing) 데이터를 제공한다. 순차적 FISH 기반의 크로마틴 구조 광학 재구성 기술(ORCA)을 활용하여, 분화 0일차 및 1일차 C3H10T1/2 세포 내 Pparg 유전자 주변의 크로마틴 구조를 정밀하게 매핑하였다. 연구 결과, TAZ 과발현은 지방세포 분화 과정에서 필수적으로 발생하는 인핸서-프로모터 상호작용을 유의미하게 저해함을 확인하였으며, 이는 TAZ가 크로마틴 구조 변화를 통해 분화를 억제함을 시사한다.

Metadata
Dataset metadata - key, title, value
제목
C3H10T1/2 PPARG loci ORCA data
생물종
Mus musculus (mouse)
보존 방법
FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded)
샘플 상태
Healthy
질병
-
샘플 상세 정보
C3H10T1/2 cell was fixed with 4% paraformaldehyde
플랫폼
Merfish
Probe 개수
3022
이미징 사이클 횟수
68
공간 해상도
108nm
제조사
Others - Custom
조직세션 두께
Cell culture
ROI 크기
221*221μm per FOV
분석 방식
ChrTracer3
스캐닝 장비
Nikon Ti2E
사용된 소프트웨어
ChrTracer3 (custom modified)
형광 채널 정보
Cy3, Cy5
사용된 패널
mouse Pparg ORCA probe
검출 유전자 개수
65 genomic loci + 3 barcoding round

File