KNA legacy(~2024)
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AccessionKNA1000000921
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Submission date2024-04-08
Project Detail
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BioProject
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KAP240688 |
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프로젝트의 영문 제목
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Pseudomonas gessardii NIBRBAC000509957 whole genome sequence
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프로젝트의 영문 설명
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In the project titled 'Research on the Production of High Value-added Substances Derived from Greenhouse Gases' conducted by the National Institute of Biological Resources, we carried out experiments in collaboration with Wonkwang University and Co-work, resulting in the manual isolation of microorganisms in Suncheon, Jeollabuk-do, Republic of Korea. Among various microorganisms, we isolated a microorganism that utilizes formic acid minimally, and through 16S rRNA analysis, identified it as Pseudomonas gessardii species. It was registered with KACC and named Pseudomonas gessardii NIBRBAC000509957. For further experiments, we conducted genome sequencing and obtained the data.
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등록자의 영문 이름
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WOOYOUNG KIM
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DataSet
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염기서열 형식
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Assembled sequences (each sequence was assembled from two or more overlapping sequence reads)
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데이터 등록 형식
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Whole genome sequences
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어셈블리 일자
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2023-08-05
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어셈블리 방식
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Other (Please specify) - Flye
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프로그램 버전
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2.8.3
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어셈블리명
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게놈 커버리지
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1123 x
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전체 원시데이터 길이
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6,744,450,461
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총 염기서열 read 수
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624,155
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전체 contig 수
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1
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전체 contig 길이
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6,005,504
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N50
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6005504 bp
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시퀀싱 기술
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Illumina NovaSeq
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전체 게놈 포함 여부 확인
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Yes (even for draft genomes or if a prokaryotic genome assembly may not include plasmids)
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게놈 영역 설명
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최종버전 여부
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Yes
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드 노보 어셈블리 여부
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Yes
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참조 어셈블리 이름
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업데이트 여부
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No
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기존 게놈 등록번호
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분자 유형
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위상
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원천 소기관/위치 정보
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키메라 서열 확인
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키메라 확인 프로그램명
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키메라 확인 프로그램 버전
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배양 여부
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프라이머 유형
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포워드 프라이머명
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포워드 프라이머 시퀀스
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리버스 프라이머명
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리버스 프라이머 시퀀스
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Coding region (CDS) / Gene / mRNA
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RNA
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Repeat sequence / mobile element / satellites
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Regulatory feature
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Others
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Reference file
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공개날짜
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어셈블리 상태
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Each chromosome is in a single sequence and there are no extra sequences
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비배치 스캐폴드 AGP 파일 유무
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비위치화 스캐폴드 AGP 파일 유무
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No
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AGP 이용 조립방법
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AGP 주석 유무
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No I don't have these files OR I've already uploaded annotated gapped sequences in the first step
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염기서열 파일 포맷
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FASTA
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공개날짜
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2024-05-31
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| File Name | Size | Type | Published | Download | |
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| contig.1.cir.cdsrna.gff | 1,221,902 1,221,902 | gff | 2024-05-31 | ||
| final.assembly.fasta | 6,005,519 6,005,519 | fasta | 2024-05-31 |