이전 사이트 이동

Establishment of clinical evaluation system for infectious pathogen detection platforms

감염병 진단 플랫폼 기술 임상평가 시스템 구축

This project aims to develop and evaluate a pathogen detection platform to respond to emerging pathogens and multidrug-resistant bacteria. In Year 1, clinical specimens will be collected from anatomical sites related to symptoms in patients with suspected severe infections but negative culture and molecular test results. Shotgun sequencing will be performed to detect unknown pathogens by comparing various analysis pipelines. In Year 2, phenotypic and genotypic analyses will be conducted on six target species and pan-resistant “superbugs” isolated from clinical microbiology laboratories. A biobank of strains will be established, and the optimal shotgun sequencing pipeline for unknown pathogen detection will be set up. In Year 3, specimens from patients with severe infections will be collected and microbiome analysis conducted. A final strain panel including multidrug-resistant bacteria and confounders will be developed. The prototype detection platform will be evaluated for performance and clinical usability, with ongoing monitoring for unknown pathogens. In Year 4, the developed systems will be applied to real emerging viruses and multidrug-resistant bacteria to validate the pathogen detection technology.

1. 신변종 병원체 유행을 대비하는 임상 증상별, 해부학적 위치별 검체 수집 및 검사 대상물내의 미생물총 염기서열 분석 2. 다제내성세균의 분리, 동정 및 표현형/유전형적 특성 확인: 실험균주 패널 구성 3. 최종 개발된 플랫폼을 이용한 병원체 검출 기술 평가 o 1차년도 - 중증감염이 의심되나 배양검사 및 기타 분자진단검사에서 음성인 환자의 증상과 연관된 해부학적 위치의 검체를 수집하고 이에 대한 shotgun sequencing을 수행하여 unknown pathogen을 검출하기 위하여 여러 파이프라인을 비교 평가 o 2차년도 - 임상미생물검사실에서 분리되는 위 6종과 그 밖에 모든 항균제에 내성을 보이는 슈퍼박테리아를 대상으로 표현형적 분석 및 유전형적 분석을 시행하여 역학적인 균주 분류 및 내성기전을 확인하고 이를 바탕으로 냉동보관하여 바이오뱅크를 구축 - 개발에 필요한 pilot strain 제공 - unknown pathogen을 검출하기위한 최적의 shotgun sequencing을 선택하여 파이프라인을 셋팅 o 3차년도 - 신변종병원체 유행을 대비하여 심각한 감염 환자의 검체 수집, 미생물총분석 및 냉동 보관 - 다제내성세균 및 confounder 포함한 final panel 구성 - 시제품의 검출 성능 및 임상사용편리성포함 평가 및 피드백 - shotgun sequencing을 통해 unknown pathogen여부 모니터링 o 4차년도 - 1세부, 2세부에서 개발된 시스템을 병원체 검출 기술을 실제 신변종바이러스 및 다제내성세균에 적용하여 기술 검증