KNA legacy(~2024)
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AccessionKNA1000001064
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Submission date2024-11-01
Project Detail
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BioProject
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KAP240983 |
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프로젝트의 영문 제목
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Chromosome level genome assembly and annotation of Nicotiana benthamiana
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프로젝트의 영문 설명
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Chromosome level genome assembly and annotation of Nicotiana benthamiana using ONT sequencing platform
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등록자의 영문 이름
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Shin Ah Young
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DataSet
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염기서열 형식
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Assembled sequences (each sequence was assembled from two or more overlapping sequence reads)
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데이터 등록 형식
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Whole genome sequences
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어셈블리 일자
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어셈블리 방식
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Other (Please specify) - NextDenovo v.2.5.0
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프로그램 버전
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2.5.0
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어셈블리명
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게놈 커버리지
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55 x
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전체 원시데이터 길이
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153712868536
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총 염기서열 read 수
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9000040
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전체 contig 수
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667
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전체 contig 길이
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2791887191
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N50
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142632486 bp
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시퀀싱 기술
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Oxford Nanopore PromethION
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전체 게놈 포함 여부 확인
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Yes (even for draft genomes or if a prokaryotic genome assembly may not include plasmids)
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게놈 영역 설명
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최종버전 여부
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Yes
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드 노보 어셈블리 여부
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Yes
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참조 어셈블리 이름
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업데이트 여부
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No
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기존 게놈 등록번호
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분자 유형
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위상
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원천 소기관/위치 정보
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키메라 서열 확인
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키메라 확인 프로그램명
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키메라 확인 프로그램 버전
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배양 여부
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프라이머 유형
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포워드 프라이머명
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포워드 프라이머 시퀀스
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리버스 프라이머명
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리버스 프라이머 시퀀스
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Coding region (CDS) / Gene / mRNA
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RNA
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Repeat sequence / mobile element / satellites
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Regulatory feature
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Others
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Reference file
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공개날짜
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어셈블리 상태
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비배치 스캐폴드 AGP 파일 유무
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비위치화 스캐폴드 AGP 파일 유무
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AGP 이용 조립방법
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AGP 주석 유무
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염기서열 파일 포맷
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FASTA
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공개날짜
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2024-11-01
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| File Name | Size | Type | Published | Download | |
|---|---|---|---|---|---|
| Nb_KLAB_exceptN.fasta | 2,838,430,636 2,838,430,636 | fasta | 2024-11-01 | ||
| Nb_KLAB.gff3 | 58,536,289 58,536,289 | gff3 | 2024-11-01 |